Maria Luisa Baldassari è diplomata in pianoforte, clavicembalo e Paleografia e Filologia musicale. La sua duplice formazione di esecutrice e studiosa le consente di operare nell'ambito della ricerca musicologica e in quello della prassi musicale, e ha scelto inoltre di dedicarsi all'organizzazione di eventi musicali didattici e culturali. 

Nel primo ambito si è occupata prevalentemente di musica sacra del XVII secolo, di musica italiana tra Quattrocento e Cinquecento e di iconografia in relazione alla prassi tastieristica: ha curato apprezzate edizioni critiche (Stabat Mater e Salve Regina di A. Scarlatti, “La Dirindina” di G. B. Martini, opere per tastiera di Andrea Antico e Antonio Valente), ha presentato relazioni e comunicazioni in convegni in Italia e all'estero e ha scritto articoli e recensioni per volumi e riviste specializzate.  Ha inoltre curato o collaborato a curare la trascrizione di molte delle composizioni registrate con l'Ensemble Les Nations di cui è direttrice, tra i pochi in Italia a dedicarsi al repertorio vocale sacro del Seicento italiano. Con questo ensemble ha effettuato concerti in Italia e all'estero (Spagna, Francia, Romania, Grecia) e registrato 9 CD di musiche sacre vocali e strumentali, ai quali si aggiungono due cd solistici per cembalo e organo. In qualità di solista, di direttore al cembalo e di continuista e con diverse formazioni orchestrali e cameristiche è stata invitata in vari festival italiani ed europei, in  USA e in Canada. Collabora con solisti di chiara fama e ha inciso per le case discografiche Echo, Tactus, Rivo Alto, EMI, Brilliant e Nuova Era.  Attualmente è docente di clavicembalo al conservatorio "Martini" di Bologna.

E' cofondatrice e presidente dell’Associazione Collegium Musicum Classense, sostenuta e promossa dalla Regione Emilia Romagna, per la quale codirige dal 1996 la rassegna di musica antica‘I luoghi dello spirito’.